民法における正当防衛とは、他人の不法行為に対して自己や他人の権利を防衛するため、やむを得ずにした行為のことであり、それによって他者に損害を与えたとしても損害賠償責任は発生しない。刑法上の緊急避難との違いは、正当防衛が他人の行為からの防衛であり、緊急避難は他人の所有する物から発生した危険に対する防衛が問題となる点である。また、刑法上の正当防衛と民法上の正当防衛は、前者が犯罪の正否に関わる問題である一方、後者は損害賠償責任の有無という問題である。そして両者が成立する場面も一致しない。
例えば、暴漢から逃れるため他人の家の門を壊して敷地内へ逃げ込んだ場合を考える。他人の家の門扉を破壊する行為について、民法上では他人の不法行為から自己の生命身体を防衛するためにした行為であるから正当防衛の問題となる。そして、ここでいう正当防衛の問題とは、壊した門扉を弁償しなければいけないか否かという問題のことである。一方、刑法上は不正の侵害者とは無関係である第三者の財産を侵害しているのだから、緊急避難の問題となる。なお、被害者（門扉の権利者）から不法行為者（暴漢）への損害賠償請求を妨げない。
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日本では原則として自衛の為に武器を所持することを認めていない。 アメリカのように憲法で自衛のための武器所持が認められている国では違法性の無い範囲での武器の携帯は合法だが 日本では棒や刃物を自衛のために所持することは認められていないため正当防衛であった場合でも武器の所持について軽犯罪法や銃刀法などで処罰される場合がある。