細菌叢調査（さいきんそうちょうさ）(Environmental Sampling)とは、ある環境中に存在するであろう細菌、ウイルス、原虫などを調査するものである。「細菌叢」と呼ばれるが、単に細菌ではなく、広く「微生物」を対象としている。それ故、単に細菌調査、環境（微生物）調査や（環境）サーベイランスと呼ばれることもある。
調査は、医学、歯学、薬学、獣医学はもとより、栄養学、理学、農学など幅広い分野の研究者が従事している。
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細菌叢調査には企業が開発販売されているキットを用いることが一般的である。
ふきふきチェック（栄研器材）
ぺたんチェック（栄研器材）
N?IDテスト・SP?18「ニッスイ」（日水製薬）
培地（一般増殖用培地）
寒天培地
血液寒天培地
チョコレート培地
GMA培地
ミュラーヒントン培地
チオグリコール酸塩培地
クックドミート培地
特殊菌増殖用・分離用培地
マンニット食塩培地（ブドウ球菌）
No.110培地（ブドウ球菌）
トッド・ヒューウイット培地（レンサ球菌）
MS培地（口腔内レンサ球菌）
EF培地（腸球菌）
NAC培地（緑膿菌）
荒川培地（ジフテリア菌）
サブロー培地（真菌）
コーンミール培地（カンジダ）
カンジダGS培地（カンジダ）
B-CYE培地（レジオネラ）
小川培地（結核）
デュボス培地（結核）
ソートン培地（結核）
PPLO培地（マイコプラズマ）
ボルデージャクソン培地（百日咳菌）
サイアーマーチン培地（淋菌）
SS培地（サルモネラ、赤痢）
TCBS培地（サルモネラ、赤痢）
CW培地（ウェルシュ菌）
LBS培地（乳酸菌）
スキロー培地（カンピロバクター）
バツラー培地（カンピロバクター）
器具・材料
白金耳
試験管
ピペット
スポイト
スピッツ
遠沈管
エッペンドルフチューブ
ガスバーナー
竹串
生理食塩水
機器
遠心分離機
電子顕微鏡／光学顕微鏡
孵卵器／インキュベーター